Il existe deux types de prise en charge de ces frais, tous deux limités aux modes de transports « durables » : sur les abonnements de transports en commun et vélo d’une part, et sur le covoiturage et le vélo personnel d’autre part.

Toutes ces prises en charge sont exonérées d’impôts et de prélèvements sociaux.

• Prise en charge des abonnements de transport en commun ou de vélo
  Tous les fonctionnaires ainsi que les personnels civils employés par l’État (agents non titulaires recrutés par contrat de droit public, personnels titulaires d’un contrat d’accompagnement dans l’emploi...) peuvent bénéficier de la prise en charge partielle du prix des titres d’abonnement correspondant aux déplacements effectués au moyen des transports publics de voyageurs et de services publics de location de vélos entre la résidence et leur lieu de travail.
  Sont également bénéficiaires les stagiaires-étudiants relevant du décret n°2009-885 du 21 juillet 2009 relatifs aux modalités d’accueil des étudiants de l’enseignement supérieur en stage dans les administrations.
  Les agents à temps partiel ou à temps partiel exerçant à 50 % ou plus bénéficient de la même prise en charge. Par contre les agents travaillant à moins de 50% auront une prise en charge réduite de moitié. La durée du temps de travail s’apprécie annuellement.
  Cette prise en charge est liée à l’accomplissement effectif des trajets « domicile-travail ». En cas de congé (maladie, maternité, de présence parentale, de formation...) cette prise en charge est suspendue.
  Sont donc exclus du dispositif les agents qui utilisent un véhicule personnel pour se rendre à leur travail, les agents qui n’engagent aucun frais de transport ou ceux qui perçoivent déjà par ailleurs des indemnités liées à leurs déplacements.
  Attention ! L’employeur prend en charge 50% du coût des abonnements sur la base du tarif le plus économique et sa participation ne peut excéder un montant plafond mensuel fixé à 86.16 euros.

Voici le lien vers le site du rectorat et celui vers la demande de prise en charge.

• Prise en charge de frais de covoiturage, ou d’utilisation d’un vélo personnel
  Un nouveau dispositif datant du 9 mai 2020, élargi, remplace l’indemnité kilométrique pour utilisation d’un vélo personnel, tout en l’élargissant au covoiturage. Cette prise en charge se veut incitative à l’utilisation de mobilités « durables », notamment pour les personnels amenés à exercer hors des agglomérations desservies par transport en commun, ou qui utilisent un vélo personnel et ce, pour au moins 100 jours par an.
  Les personnels éligibles à cette prise en charge forfaitaire de 200 € annuels sont tous les agents publics de l’Etat, titulaires ou non (agents non titulaires recrutés par contrat de droit public, personnels titulaires d’un contrat d’accompagnement dans l’emploi...) et en position d’activité (en sont notamment exclus les agents en disponibilité), qui adoptent comme mode de transport leur vélo personnel, ou se déplacent en covoiturage pour rejoindre leur établissement depuis leur domicile personnel. Ce forfait est exclusif de toute autre prise en charge des frais de déplacement domicile-travail.
  Pour en bénéficier, l’agent doit produire, avant le 31/12 de chaque année, une déclaration sur l’honneur attestant de l’utilisation du vélo personnel, ou de la pratique du covoiturage pour une durée d’au moins 100 jours. En outre, des vérifications ultérieures sont possibles ; à cet effet, des justificatifs
  peuvent être demandés en cas d’utilisation du vélo (factures d’achat, d’entretien, d’assurance, etc.) ;
  seront demandés en cas de covoiturage (relevé de facture de plates-formes de covoiturage, attestation issue du registre des co-voiturages, attestation sur l’honneur du covoitureur, notamment).
  Pour les personnels à temps partiel, la durée de 100 jours est modulée selon le taux de temps partiel : un collègue travaillant à 75% devra utiliser le mode de transport déclaré 75 jours au moins.
  Pour les collègues qui débutent ou interrompent leur service en cours d’années, la durée requise d’utilisation du mode de transport déclaré, et la prise en charge, sont modulés par la durée effective d’emploi en position d’activité au sein de la Fonction publique d’Etat. Ainsi :
  un stagiaire débutant le 01/09/20 peut prétendre à (4/12)*200=50 € au titre de 2020 ;
  un collègue prenant sa retraite au 01/07/21 en étant à mi-temps au cours des 6 premiers mois peut prétendre à (50/100)*(6/12)*200=50 € au titre de 2021.
  La prise en charge est versée au cours de l’année civile suivante.
  Le montant de la prise en charge et la durée d’utilisation du mode de transport choisi sont susceptibles d’évolutions par arrêté.
  La fiche spécifique récapitulative de ce dispositif est disponible ci-dessous :

  

Cumul (pour 2020 uniquement) des deux prises en charge
Les deux prises en charge sont en principe exclusives l’une de l’autre, mais, en 2020 et à titre exceptionnel, un agent peut bénéficier à la fois du forfait mobilités durables à partir du 11/05/20 et du remboursement partiel des frais en transport public au moins pour la période précédant cette date 2020.
Le montant annuel du forfait mobilités durable est alors réduit à 100 €, et le nombre minimum de jours d’utilisation du vélo ou du covoiturage requis pour pouvoir pour en bénéficier est réduit à 50 jours.